Pada 1998, Howard menulis surat kepada Habibie yang mendukung kemerdekaan Timor Leste. Habibie mengatakan kepada program ABC 1 bertajuk The Howard Years bahwa surat tersebut mendesaknya untuk mengeluarkan keputusan cepat yang akhirnya berujung pada referendum enam bulan kemudian.
"Dalam surat ini, ia menyarankan saya agar saya menyelesaikan (masalah Timor Timur) seperti Prancis menyelesaikan koloni-koloni mereka di Pacific New Caledonia. Ia menyarankan itu," ujar Habibie seperti dikutip ABC.net.au, Minggu (16/11).
"Itu artinya mempersiapkan mereka untuk 10 tahun atau apapun dan setelah itu memberi mereka kemerdekaan," ujar Habibie. "Ketika saya membacanya, saya marah."
Howard sendiri mengaku tidak ada yang menduga bahwa Habibie bisa bergerak secepat itu. "Arah yang ia tuju sama dengan arah dari permintaan dalam surat tersebut," ujar Howard. "Tetapi ia bergerak lebih jauh. Ia bukan hanya bergerak lima mil, tetapi 20 mil."
Habibie tidak menyetujui pasukan penjaga keamanan di Timor Timur sebelum referendum dan menganggap saran dari Howard sebagai sebuah 'penghinaan'.
Pada Agustus 1999, masyarakat Timor Timur mengadakan referendum yang berakhir pada lepasnya Timor Timur dari Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Akhirnya, Howard mendapat persetujuan Habibie untuk menurunkan pasukan penjaga perdamaian ke Timor Timur. Namun, Howard khawatir potensi bentrokan dengan pasukan Indonesia.
"Saya berpikir mereka mungkin akan bertemu dengan Indonesia dan mungkin ada kontak senjata di awal dan Anda bisa kehilangan 20 atau 30 tentara dalam pertempuran. Itu sangat sulit," ujar Howard.
Menteri Luar Negeri Alexander Downer mengatakan pemerintah mengatur agar tentara Amerika Serikat bersiaga jika konflik di Timor Timur berakhir dengan perang antara Indonesia dengan Australia.
"Kami memiliki pasukan Amerika yang bisa diturunkan sangat cepat begitu juga dari Pasifik. Jadi, kami memang memiliki rencana cadangan," ujar Downer.
ABC| Kodrat Setiawan
