Perintah di Pagi 1 Oktober

Salah satu hal yang belum terjawab dalam banyak penelitian mengenai peristiwa 1965 adalah keterlibatan Tentara Nasional Indonesia—saat itu Angkatan Bersenjata Republik Indonesia. Pengakuan para korban, saksi, dan pelaku pembunuhan anggota serta simpatisan Partai Komunis Indonesia pada masa itu sudah banyak muncul di berbagai buku dan film dokumenter. Namun bukti campur tangan langsung militer dalam pembantaian masih minim. Barangkali itu sebabnya TNI sampai kini masih membantah keterlibatan militer dalam tragedi nasional tersebut.